如果说《就五代史辑本发覆》的深意是要表彰在异族统治下中国士大夫的政治情怀的话，那么，《明季滇黔佛教考》则是从命题到选材都是为了鼓励中国知识分子坚持民族气节，不事异族。作者在此书1957年重印本的《后记》中写道：“此书作于抗日战争时，所言虽系明季滇黔佛教之盛及僧徒拓殖本领，其实所欲表彰者乃明末遗民之爱国精神，民族气节，不徒佛教史迹而已。”陈寅恪对这部著作的评价是：“寅恪读是竟，别有感焉。世人谓宗教与政治不同物，是以二者不可参互合论。然自来史实所昭示，宗教与政治，终不能无所关涉。即就先生是书所述者言之，明末永历之世，滇黔实当日之畿辅，而神州正朔所在也。故值艰危扰攘之际，以边檄一隅之地，犹略能萃集禹域文化之精英者，盖由于此。及明社既屋，其地之学人端士，相率遁逃于禅，以全其志节，今日追述当时政治之变迁，以考其出处本末，未尝不可作政治史读也。”是书之作确实深藏著者的微言深意。