这种有机的方法是全部黑格尔主义体系的预设。或者说，有机的解释是黑格尔全部著作的基础。这种倾向总是从经验到绝对理念。由于绝对理念被理解为主体和客体的统一，他的全部科学研究的倾向都是从知觉上升到自我决定。这种有机体发展的终结总是自由，或自我决定。
第二，总体性。
有机的方法论将自身实现为总体性。黑格尔使用了体系解释。他没有将现象解释为孤立的或特殊的存在，而是将其解释为整个过程的一部分。一个知识的客体就是一个系统。例如，哲学史的每一部分都是相互衔接的，即历史是一个完整的整体。
体系化方案是黑格尔对科学进行定义的核心。正如他变革了逻辑的意义，他也变革了科学的意义。在黑格尔的思想中，科学指的不是与真理相符合的理论，科学并不意味着在外部客体及该客体的心理表征之间逼真的建构，或对自然法则的揭示。更确切地说，科学的辩证理论认为，在特定的知识领域内部，每个研究方面都能在总体的体系内部得到统一。
《逻辑学》是一个很好的例子，因为它是对思想原则的系统表述。它开始于存在，或者说开始于由知觉环绕的本质，而终结于绝对理念。有助于逻辑发展上升的每一步，都作为逻辑发展的表象和推动者，继而上升到绝对理念。这种发展是一个统一的过程。在这里，总体对部分施加影响，而部分对总体加以支撑。