（3）政府过度干预导致排污权交易无法充分发挥其功效。[10]在排污权交易的试点过程中，政府还未完成其从划桨者到掌舵者的角色转变，如《嘉兴市主要污染物排污权交易办法实施细则》第22条规定，“市环境保护局根据不同行业类别、削减成本，会同市相关部门确定排污权交易出让价和排污权交易转让价。”这样的干预导致排污权的市场价格扭曲，治污成本得不到最小化。
（三）污水处理产业化发展面临制度障碍
1.产业化程度不高，市场发育欠缺
目前很多污水处理单位仍然沿袭原有事业单位管理模式。垄断式的管理体制，缺乏活力的经营机制，不仅造成机构臃肿、人浮于事、运行效率低下，政企不分也使得政府对污水处理厂的监督难以到位，城市污水处理始终在低水平徘徊。
2.配套设施建设滞后，污水纳管量偏小
污水管网的建设投资巨大，并且涉及城市建设、规划、交通等多个部门，完全产业化非常困难，应当由政府承担管网的设计、建设和维护。尽管各地加大财政投入，污水处理基础设施近年有了长足发展，但污水管网覆盖率低、污水纳管量偏小，影响了污水处理产业化的进程。