如果说《就五代史辑本发覆》的深意是要表彰在异族统治下中国士大夫的政治情怀的话,那么,《明季滇黔佛教考》则是从命题到选材都是为了鼓励中国知识分子坚持民族气节,不事异族。作者在此书1957年重印本的《后记》中写道:“此书作于抗日战争时,所言虽系明季滇黔佛教之盛及僧徒拓殖本领,其实所欲表彰者乃明末遗民之爱国精神,民族气节,不徒佛教史迹而已。”陈寅恪对这部著作的评价是:“寅恪读是竟,别有感焉。世人谓宗教与政治不同物,是以二者不可参互合论。然自来史实所昭示,宗教与政治,终不能无所关涉。即就先生是书所述者言之,明末永历之世,滇黔实当日之畿辅,而神州正朔所在也。故值艰危扰攘之际,以边檄一隅之地,犹略能萃集禹域文化之精英者,盖由于此。及明社既屋,其地之学人端士,相率遁逃于禅,以全其志节,今日追述当时政治之变迁,以考其出处本末,未尝不可作政治史读也。”是书之作确实深藏著者的微言深意。
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