秦王听了，觉得李斯的话有道理，就问李斯：“依你说该怎么办？”
李斯恶狠狠地说：“如果放韩非回国，是纵虎归山，如果把他长期留在秦国，也是一个心腹大患，不如趁早把他杀了，以免后患。”
秦王听信了李斯的话，命人把韩非抓了起来，投进牢狱。但秦王爱惜韩非的才能，还不忍心杀他，只是把他关在牢中。到底对韩非是该用、该放，还是该杀，他还没拿定主意。
韩非正准备尽自己的能力，帮助秦王称霸天下，自己也好借此大显身手，万万没有想到会突然被投进牢狱。他怨愤不已，也百思不解。他要求见秦王陈述自己的冤屈，但没人给他传达；他上书给秦王，陈述自己的治国计划，也没有人给他转送。他整日在阴暗潮湿的牢狱中，孤独地思索，愤愤地叹息。最后，他在狱中写了《说难》、《孤愤》等文章，抒发自己心中的忧愤之情，描写了作为说客的艰难。
李斯见秦王没有杀韩非的意思，担心秦王悔悟过来，把韩非放了，就心生毒计，派人送给韩非一包毒药，并传话给韩非：“你作为一个韩国的贵族公子，跑到秦国来帮助秦国灭韩，是韩国的罪人。你用谎言骗说秦王，被秦王识破，投进牢狱，不久就会被斩首示众，你活着还有什么意思？不如自行了断，还能落个囫囵尸首。”