接着又说了一首偈语：「静止不动不修善，悠闲自在不造恶，断绝见闻心安静，心无拘束无所着。」
六祖说完了偈语，端坐到三更时分，忽然告诉弟子说：「我去了。」刹那间示寂了。当时异香充满室内，天空白虹连属地面，树木也变成了白色，飞禽走兽都发出了哀鸣。
十一月，广州、韶州、韶州三郡的官僚以及门下的出家、在家弟子，争相要迎请六祖的真身去供养，无法决定该往何处。于是就焚香祷告说：「香烟所指向的地方，就是大师的归宿。」
当时香烟一直飘向曹溪。十一月十三日，众人把六祖坐化的神龛以及五祖传下的衣钵都由新州国恩寺迁回曹溪宝林寺供奉。
次年七月二十五日，六祖的肉身出龛，弟子方辩用香泥涂上六祖的真身。这时弟子们忆起六祖曾经说过「取头」的预记，于是先用铁片和漆布围护六祖的颈部，然后送入塔内供奉。六祖真身入塔时，塔内忽然出现一道白光，直冲天上，经过了三天以后才消散。韶州刺史把六祖的事蹟报告给朝廷，皇上就敕令立碑纪念六祖的道行。