（二）经学
讲明儒家经典的学问，叫作经学。两汉经学极盛。魏晋时代改变两汉烦琐的学风，解经以清通简要为主。南朝儒生发展这一派的经学，称为南学。唐宋以来所谓《十三经注疏》，完全依据南朝的经学。
经学中的三礼学（《周礼》、《仪礼》、《礼记》），专讲区别尊卑、亲疏、贵贱，最适合士族制度的需要，因之礼学在南朝特别发达。宋何承天删旧行的《礼论》八百卷为三百卷。梁徐勉撰《五礼》，共一百二十帙，一千一百七十六卷，八千一十九条，其中凶礼（丧礼）多至五千六百九十三条。讲三礼尤其是讲丧服部分，是南朝儒生的专门学问。
思想上融合儒、佛两家，《礼记》中的中庸篇是最好的媒介。宋戴颙撰《中庸传》，萧衍撰《中庸讲疏》，无名氏撰《中庸义》，中庸篇从《礼记》中提出单行。后来两宋理学家窃取佛教学说，借中庸篇高谈儒家的性命哲学，南朝已经启示出途径。
（三）哲学
东汉末老庄学派（玄学）开始复活。魏晋时代玄学大发展，手执麈尾，林下清谈，成为士族的专业。东晋玄学与佛学融合互助，如名僧支遁讲《庄子》逍遥篇，标举新旨，玄学家殷浩博通佛经，谈锋莫敌。王导以下，无不专心哲学，力争名誉。卫玠与谢鲲谈玄，彼此辩难，一夜不眠，玠向有痨病，病发身死。支遁、殷浩，各负重名，二人相避，不敢见面。这类例证很多，足见哲学研究的盛行。宋以后，佛学比玄学更发展，与儒学成尖锐的对立。宗炳作《明佛论》，主张人死神不灭，何承天作论驳宗炳。承天作《达性论》，主张人贵物贱，否认佛家众生平等说，颜延之作论驳承天。大抵南朝哲学家析理精细，反复深入，辩驳解答多至七八次，始终保持严肃态度，不动意气，这一点堪称论家的良好模范。齐梁时代，儒、佛两家力求融合，为统治阶级更进一步服务，萧衍是这一派的代表。一部分儒者发挥儒家崇实思想，攻击佛教迷信空寂的流弊，范缜《神灭论》是这一派的代表。陈朝文学极盛，哲学渐趋衰落。因为佛教得萧衍的拥护，在政治上、思想上完全战胜了儒家学派，儒学不敢再和佛教斗争，本身发展也就停顿了。隋唐时代佛教继续发展，是依靠它内部各派间的斗争，儒学和玄学都不成为佛教的对手。