此外，林损长兄林辛先他几年被排斥出北大，《北大月刊》不予刊登他的一篇《醉石先生事略》，林损都以为是“媚梦麟者”所为。林损平素器重的一同乡学生卒业时居然在试卷上作白话文诋毁，故意与他作对，使他怒不可遏，认为“必受胡适教唆”。这些都逐步加深了林损对北大掌权者，尤其是蒋梦麟、胡适的厌恶。
一般以为，林损故步自封，他与胡适交恶是白话和文言之争，进一步是进步与保守之争；但事实上，林损对科学精神一直保持着敬畏。他自小对数学很有兴趣，尝言“通人硕士，耻事笔砚之间，咸以输入文明振兴科学为己任，算学亦六科之一也”，对科学亦向往，到了三十年代，还写诗阐述科学真理不可抛弃：“尺棰日取不竭，厥理真实非诬。原子电子立喻，科学岂可舍诸。”并且，他早年参与编辑《黄报》，与黄兴、宋教仁、姚桐豫等共同“驰驱革命”。
《林损集》的编者陈镇波认为，林损与胡适的分歧主要在学术、政见方面，集中表现在《惜士》一文中：“谓中国可暂亡五十年者，此何言也？谓中国无文化者，此何心也？谓宜弃国粹而一归于欧化者，此何理也？排除老成而抵斥异己者，此何行也？拜夷酋而随戎师，此岂出于五藏哉？恐亦非夫已氏之性然矣。一堕荆棘，逆施倒行，皇帝之臣欤？浪士之徒欤？父母之不孝子欤？执政之一顾问欤？狗非犬类，而犬可以为羊。呼啸朋俦，皆如斯类。而刑戮不加，权威不损，极无道之为，取富厚之实，乘国家之危，作乐志之机，乾坤为之震荡，正人为之伤气。”胡适曾在《我们可能等候五十年》一文中，认为：“我们的最后胜利是毫无可疑的……在一个国家千万年的生命上，四五年或四五十年算得了什么？”并说过，中国的文化传统都是“无济于事的银样的镴枪头”，主张“充分世界化与全盘西化”。杜威来访，胡适作欢迎词说：“自从中国与西洋文化接触以来，没有一个外国学者在中国思想的影响有杜威先生这样大的。”因此，林损说：“为异族牛马走，则颠覆国本之罪也，此而不诛，则不足以为兆民之表率矣。”“今外侮之来抑甚矣！无伥何虎，伥之毒甚于虎也。杀人之身者何如死人之心，二死人之心者，则皆此伥之所为也。”但林损接受《申报》记者采访，只承认学说上与胡适不同，并无政见上差异。“本人系教授，教授教书，各有各之学说，合则留，不合则去。”