在海上，他起初曾在VA-66上驾驶A-7E第2代海盗船战斗机，并被派往独立号航空母舰。随后，又先后在VA-86(尼米兹号航空母舰)和VA-174上任职。他曾经在VA-105(海军空战队第12大队和弗洛斯特号战舰)上担任执行军官和指挥官；在航空母舰第六飞行队(弗洛斯特号)担任副指挥；在航空母舰第3飞行队(艾森豪威尔号航空母舰)担任指挥。
他曾就读于海军作战大学的指挥与参谋专业，并以优异成绩毕业。他曾经参加海军作战部的系统分析师；曾经担任美国大西洋舰队海军空战队参谋部预备军官，联合参谋长总部驻欧洲司令部／作战协会部长，联合参谋总部主席执行助理。
1995年，约翰逊出任美国大西洋舰队参谋部，作战计划与政策部部长。1996年2月他申请担任第8航空母舰／罗斯福舰队司令，直至1997年8月。约翰逊上将还曾经担任过美国第6舰队和驻南欧海军袭击与支援部队的指挥。