康有为也似乎早就预感到他的方案将被军机大臣们予以否决，所以早在7月24日就指使其弟子梁启超以李端棻的名义上了一份奏折，提出循大清王朝先前已有的例子，在内廷开设懋勤殿，以期通过这种特殊的机构设置，用最便捷的办法进入光绪皇帝的身边，参与议政。光绪皇帝收到这份奏折后，循例批转庆亲王奕劻及孙家鼐处理。
7月28日，奕劻与孙家鼐分别向光绪皇帝呈递了各自的处理意见。奕劻虽然没有明确反对设置懋勤殿，但他建议光绪皇帝一定要慎重对待，可以选择一些具有真才实学且人品高尚的人以备顾问，无疑其并不太同意设置什么懋勤殿。孙家鼐的处理意见与奕劻的看法具有很大的相似性，他也原则上同意皇上仿康熙年间的旧例选拔一些人才在身边以备顾问，同时也告诫皇上此类顾问既不能以才华作为选取的唯一标准，更要注意其人品、其心术，并建议采用公举的办法，尤其要注意公众舆论的认知度。对于那些心术不正、人品低劣的人，不论其才华如何出众，都必须坚决剔除。