中西文化之异，其表现之三，是二者主体内容之不同。他说，中国文化以人文主义为主体，西方文化以神本和物本为主体。在中国，人文主义透彻彰显，成为领导文化生命前进之骨干。西方文化由于是以气尽理，主体只能停在扑着外物以活动的理智上，是很难讲人文主流的。因此，“在西方学术思想的传统里，人文主义不是主流”[153]，始终没有成为领导文化生命前进之骨干。作为西方文化主要内容之一的基督教，树起了神的主体，未树起人的主体，因而其精神是神本而非人本，“人文主义之门在基督教里并没有开出来”。作为西方文化另一重要构成的希腊传统，牟宗三认为其基本精神是“物本”。希腊精神若收敛凝聚而为思想学统，则是“物本”。他指出，在基督教外倾于上帝的神本与希腊外倾于物的物本“这两个本的夹逼下，把人本闷住了。所以人文主义在西方一直抬不起头来”[154]。
通过以上辨析，牟宗三认为中西文化各有其优劣。以儒家心性之学为基础的践仁的礼乐型中国文化，有助于价值领域的开拓，有益于文化生命的承续，但却缺乏西方文化中的逻辑、数学以及由此而来的科学，缺乏民主政治。西方文化在神本和物本中摇摆前进，以气尽理，凭才、情、气的运用，而构建了一套逻辑与数学系统，以及由此而来的科学系统，并在体制上确立了民主政治。但它却因此而缺乏向内安顿自我，调适护卫中国文化发展机制的功能。有鉴于此，牟宗三主张中西文化互相学习，“谐和统一，相资互补”。